石工職人団体としてのフリーメイソンリー（実務的メイソンリー）は衰えたが、イギリスでは建築に関係のない貴族、紳士、知識人がフリーメイソンリーに加入し始めた（思索的メイソンリー。「思弁的-」とも）。それと共に、フリーメイソンリーは職人団体から、友愛団体に変貌したとするのが通説である。
または、実務的メイソンリーとの直接の関係はなく、その組織を参考に、貴族たちが別個に作ったのが、思索的メイソンリーであるともいう。中世ヨーロッパでは、建築はあらゆる分野の技術に精通する必要がある「王者の技術」とされ、建築学や職人の社会的地位は高かった。また、技術の伝承についても、厳しい掟が設けられた。その神秘性から、実務的メイソンリーが貴族などに注目され、薔薇十字団の正体ではないかと期待する者もあった。もっとも、これについては実務的メイソンリーはあくまでも石工団体であり、期待は裏切られた結果に終わったようである。
石工団体を元にした名残りとして、石工の道具であったコンパスと直角定規がシンボルマークとして描かれ、内部の階位制度には「徒弟 (Entered Apprentice)、職人 (Fellow Craft)、親方 (棟梁とも訳す。Master Mason)」の呼称が残っており、集会においては、元は石工の作業着であるエプロンを着用する。なおよく誤解されるが、ピラミッドに目の「ホルスの目」はイルミナティのシンボルである。このシンボルはかつて啓蒙思想の者が好んで使用したシンボルであり、そのためフリーメイソンでも使用されることが多かった。
友愛団体に変貌したフリーメイソンリーは、イギリスから、商業や文化のネットワークを介して、ヨーロッパ諸国、ロシア、アメリカ大陸、さらには西欧諸国従属下にあるアフリカやアジアの植民地にまで広まった（ただし、植民地や居留地におけるロッジは初期はあくまで居留民の為のものであり、現地人の入会は認められなかった）。民間人を対象とする国際的な互助組織が無い時代だったので、会員であれば相互に助け合うというフリーメイソンリーは、困難を抱えた人間にとって非常にありがたかった。ウィーンのロッジに加入していたモーツァルトはフリーメイソン兄弟に借金の無心をしたり、伝を頼っている。
フリーメイソンリーが広まった時期は、絶対王政から啓蒙君主、市民革命へと政治的な激動が続く時代でもあり、特定の宗教を持たずに理性や自由博愛の思想を掲げるヨーロッパ系フリーメイソンリーは、特定の宗教を否定することから、自由思想としてカトリック教会などの宗教権力からは敵視された。とりわけフランス革命の当事者達の多くがフリーメイソンであったため、しばしば旧体制側から体制を転覆するための陰謀組織とみなされた。アメリカにおいても独立戦争にかかわった多くの会員がいたにもかかわらず同様であった。なお、自由の女神像はフランス系フリーメイソンリーとアメリカ系フリーメイソンリーの間に交わされた贈り物であった[要出典]。
カトリックとの対立関係は長く、1738年に時のローマ教皇クレメンス12世がフリーメイソンの破門を教書で宣告した（ただし、直接対立したのは前述のフランス大東社系が中心）。もっとも、カトリックの影響力低下もあり、もとよりイギリスなどプロテスタント（あるいはイギリス国教会）諸国では破門の影響はほとんど無かった。一方カトリックの少なくないフランスでは、両者の対立はカトリックによる一方的な圧力に留まらず、逆に政教分離を主張したフリーメイソンリーなどの影響で、公立学校から聖職者が追放される事態も起こった。1983年に破門は一応解除されたが、カトリックは公的にフリーメイソンを危険視する姿勢を崩していない。しかし、カトリックでフリーメイソンリーに入会する者は少なくないという。
フリーメイソンリーの入会儀式は秘密とされたが、そのために、かえってさまざまな好奇心をかきたてた。トルストイの『戦争と平和』では1810年代のロシアのフリーメイソンの会合が描写されている。またモーツァルトの『魔笛』にフリーメイソンリーの入会儀式の影響を指摘する意見もある。
フリーメイソンに関する歴史やテンプル騎士団との関係については、M.ベイジェント、R.リー『テンプル騎士団とフリーメーソン』（林和彦訳、三交社刊）に詳説されている。
元フリーメイソンであった創始者による新宗教も多く、モルモン教の創始者ジョセフ・スミス、エホバの証人の創始者チャールズ・テイズ・ラッセル、クリスチャンサイエンスの創始者メリー・ベーカー・エディらがいる。
また、ロータリークラブの創始者であるポール・ハリスはフリーメイソンであったが、社会奉仕と慈善活動に専念する公開結社として、ロータリークラブを設立したといわれている。ただし、ロータリークラブ側は、組織としてのフリーメイソンリーとのつながりは否定している。
日本
日本でフリーメイソンリーとのかかわりが始まるのは、江戸末期、開国してからである。それ以前については、現在のところ記録はない。
1860年2月26日（安政7年2月5日）、横浜で攘夷派によってオランダ人船長W・デ・フォスと、商人N・デッケルが暗殺された。外国人達は攘夷派への示威行動の意味もあり、できるだけ盛大に二人の葬儀を行おうとした。この時、殺された二人はフリーメイソンであると言われており、外国人のメイソン達は、儀式用の正装であるエプロン着用で葬儀に臨んだ。これが日本におけるフリーメイソンの最初の記録という（ただし、二人が会員であった証拠は見つかっていない）。二人は横浜の外国人墓地に埋葬され、その墓は現存している[10]。
1864年（元治元年）、イギリスは居留民保護のため英国歩兵第20連隊、ランカシャー・フュージリア隊を香港から横浜に移動させた。同隊の軍隊ロッジ「スフィンクス」は、隊員のためのロッジであるが、在日イギリス人のためのロッジとしても機能し、また恒久的な民間ロッジ設立のための手助けをした。1865年1月、スフィンクス・ロッジは横浜在住のフリーメイソンから家を借り、これをロッジとして日本初の集会を行った。スフィンクス・ロッジは1866年（慶応2年）3月に離日したが、改めて民間ロッジとしてイングランド・グランド・ロッジの承認を受け、6月26日、「横浜ロッジ」として恒久的な民間ロッジとなった。このロッジは現存しないが、1870年（明治3年）発足のロッジ・兵庫・大阪（神戸）が現存最古の日本のロッジである。
薩長同盟が坂本竜馬の海援隊から入手した武器は、イギリス人武器商人トーマス・ブレーク・グラバーが仲介しており、彼はフリーメイソンだったという説がある。しかし、グラバーは幕末長崎に住んでいたが、かれがフリーメイソンだった証拠はなく、また長崎にロッジが設立されたのは1885年で、両者の関係はないという。
日本人のフリーメイソンは、1864年、留学先のオランダで入会した西周と津田真道が最初という[11]。しかし、第二次世界大戦以前の日本では、日本人の会員はほとんど居なかった。明治政府は結社の自由・集会の自由を厳しく制限しており、1887年（明治20年）、事前届け出がなく、あるいは警察官の立ち会いのない集会を禁じる保安条例を発令した。直接的には自由民権運動を弾圧するものであったが、同法は秘密結社を禁止しており、フリーメイソンリーにとっても保安条例が適応されれば、最低でも集会に警察官の立ち入りを要求されるのは明らかであった。この時期、不平等条約によって外国人は治外法権に置かれていたが、不平等条約が是正されれば、フリーメイソンリーに官憲の手が及ぶのは時間の問題と思われた。
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そこで、フリーメイソンで、お雇い外国人として日本政府の通信技術顧問であったW・H・ストーンを代表として、日本政府と協議した。フリーメイソンリーは日本政府と対立する意志はなかったので、ストーンはフリーメイソンリーの非政治・非宗教性を説き、欧米各国で政府に承認・支持されていると強調した。その結果、フリーメイソンリーは保安条例の対象外とする代わり、日本人を入会させないこと、日本社会への接触・宣伝をしないという「紳士協定」を交わしたという。この協定は口頭によるもので、日本側の書類としては発見されていない。ただ、フリーメイソンリー側には、協定遵守を申し合わせた記録が残っているという[12]。保安条例の廃止後も、治安警察法によって結社は届出制（内務大臣権限によりいつでも禁止可能）とされ、秘密結社の禁止は続いた。フリーメイソンリーは日本人への働きかけを自粛し、日本人から隔絶した存在であり続けた。戦前にフリーメイソンリーに入会した日本人は、海外のロッジでの入会者に限られていた。
しかし、そのために「外国人だけが入会するスパイ団体」「日本人はのけものにされ、入会はおろか見学さえもさせぬ反日・反国体的団体」という非難に晒されることになった。昭和期、日独伊三国同盟が成立すると、ナチス・ドイツの影響でフリーメイソン陰謀論、ユダヤ陰謀論が広まった。既に大正時代、今井時郎や樋口艶之助は、フリーメイソンリーの自由主義・民主主義的理念を共産主義の発生源と非難していた。昭和にはいると、陸軍中将の四王天延孝は、ナチスの影響を否定しつつ、ユダヤ・フリーメイソン陰謀論を流布した。四王天は、『シオン賢者の議定書』を陰謀の物証とした。
1941年（昭和16年）、日本がアメリカに宣戦布告すると（アジア太平洋戦争）、ロッジはことごとく憲兵・特別高等警察によって閉鎖に追い込まれ、書類・備品は全て押収された。
1945年、日本の敗戦で第二次世界大戦が終わると、1946年よりロッジの再建が始まった。そして、1950年1月5日、佐藤尚武、植原悦二郎、三島通陽、高橋龍太郎、芝均平らが、初めての日本における日本人会員となった[13]。この時点で日本のロッジはフィリピン・グランド・ロッジの傘下にあり、フィリピンの対日感情は最悪だった。4月8日フィリピン代表のマウロ・バラディが来日し、「世界平和のために、日本人を兄弟として握手しようと決心し、過去の罪を許してメーソンとして迎えるべく決意した」と演説した。星島二郎はこれに応え、国会にフィリピンに対する謝罪決議を提出し、全会一致で可決させたという[14]。
自身も会員であったダグラス・マッカーサーは、対日政策の一環として、皇族を皮切りに日本の指導者層を入会させ、最後は昭和天皇を入会させる腹づもりであったという（フリーメイソンリーは直接的な勧誘はしないことになっているので、それとなく興味を持たせるようにした）。フリーメイソンリーは、米国にとっては冷戦下の反共の砦としても期待されていた[15]。昭和天皇の入会は実現しなかったが、はるか後年の1995年にも、リチャード・クライプ元グランド・マスターが取材に「日本でも天皇陛下がメンバーだったら、偏見がなくなり、もっともっと簡単にメンバーを集めることができるでしょう。もし、天皇陛下に入っていただければ、私は名誉グランド・マスターにしてさしあげたい（笑）。」[3]と答えており、現在でも天皇の入会を期待しているものと思われる。
1957年には会員数が2500人を超え、独立したグランド・ロッジを構えるべきという気運が高まり、3月に東京グランド・ロッジを設立した。初代グランド・マスターは、ベネズエラの外交官カルロス・ロドリゲス＝ヒメネスであった。